Instytucją zarządzającą PO RYBY 2014-2020 jest minister właściwy ds. rybołówstwa (czyli gospodarki morskiej i żeglugi śródlądowej), reprezentowany przez dyrektora Departamentu Rybołówstwa. Instytucja zarządzająca (IZ) przekazała część swoich zadań związanych z realizacją programu instytucjom pośredniczącym (IP): Agencji Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa (ARiMR) oraz samorządom województw (SW).
Agencji Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa powierzono zadania dotyczące priorytetów I-III, V-VI oraz pomocy technicznej PO RYBY 2014-2020. Do głównych zadań Agencji należy ogłaszanie naborów, rozpatrywanie wniosków o dofinansowanie, podpisywanie umów, jak też przyznanie i wypłata pomocy oraz kontrola operacji.
Samorządy województw realizują wymienione zadania w zakresie priorytetu IV, z tym że wybranych tutaj zostało 36 Rybackich Lokalnych Grup Działania (RLGD), które w szczególności przeprowadzają nabór wniosków.
Zasady obowiązujące beneficjentów przy ubieganiu się o dofinansowanie są ogłaszane na stronie internetowej IZ, IP lub RLGD.
Ogłoszenia o naborze wniosków o dofinansowanie dla priorytetu I-III oraz V-VI są zamieszczane na stronie internetowej administrowanej przez ARiMR (www.arimr.gov.pl) oraz w siedzibie i oddziałach regionalnych ARiMR, a także na stronie internetowej urzędu obsługującego ministra właściwego do spraw rybołówstwa (www.mgm.gov.pl). Dla priorytetu IV ogłoszeń o naborze wniosków o dofinansowanie należy szukać na stronie internetowej administrowanej przez RLGD przeprowadzającą nabór.
(isz)